Urodził się 15 marca 1841 roku w San Lorenzo koło Trevi, w diecezji Spoleto, w ubogiej chłopskiej rodzinie. Pilny, inteligentny i pobożny uczył się w kolegium Luccarini w Spoleto. Wstąpił do III Zakonu św. Franciszka. Dzięki katechecie, duszpasterzowi młodzieży, ks. Ludwikowi Pieri rozpoznał w sobie powołanie do kapłaństwa. Po święceniach kapłańskich w 1863 roku został skierowany do w Cannaiola Trevi, wioski, w której ludzie byli biedni, skłóceni i agresywni. Cichy, serdeczny, życzliwy i wrażliwy na ludzką biedę, proboszcz Bonilli okazał się duszpasterzem roztropnym, taktownym i gorliwym, co mu zjednało serca parafian. Był tam proboszczem przez 34 lata. W 1872 r. zorganizował ekipę duszpasterzy, mających po okolicznych wioskach głosić misje ludowe. 13 maja 1888 roku założył Zgromadzenie Sióstr Najświętszej Rodziny w Spoleto, poświęcone pomocy ubogim, sierotom, głuchoniemym, niewidomym i opuszczonym. W 1898 roku został kanonikiem katedry Spoleto. Piotr Bonilli spędził ostatnie lata swojego życia w samotności w małym pomieszczeniu. Zmarł w Spoleto 5 stycznia 1935 roku w wieku 94 lat.
Beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II w dniu 24 kwietnia 1988 roku.